氯羰基亚磺酰氯的主要用途：

1. 杂环化合物合成

作为高活性的有机合成试剂，用于构建含硫和氮的杂环化合物。具体可用于制备1,3,4-氧硫杂环戊二烯-2-酮（oxathiazolones）及其衍生物。此外，还可用于合成氟化氧杂环酮（fluorinated oxathialones）等含氟杂环中间体。

2. 医药中间体

用于生成羰基亚磺酸酯等有机合成试剂，与酰胺或酮反应得到的羰基亚磺酸酯常被用作抗生素和药物中间体。也可用于制备具有生物活性的化合物，如用于合成N,N-二烷基氨基甲酰氯等重要中间体。

3. 亲核取代反应

分子中含有两种高反应性亲电子官能团——氯羰基和氯代亚磺酰基，均可用于与胺、硫醇和醇等发生亲核取代反应。

4. 含氟中间体制备

应用于合成聚氟烷基-硫代氯甲酸酯、氯羰基聚氟烷基次磺酸酯等含氟有机中间体。