2-氯-4-异硫氰酰基苯氰的主要用途：

医药中间体：作为关键中间体用于合成具有生物活性的药物分子，如抗前列腺癌的硫代乙内酰脲衍生物和靶向吲哚胺-2,3-双加氧酶（IDO）的硫代氨基脲类抑制剂。此外，也用于合成苯并咪唑、苯并噻唑等药物。

农药中间体：用于合成除草剂（如异丙隆、metazachlor）、杀虫剂（如噻虫嗪）和杀菌剂等农用化学品。

材料科学：作为结构单元用于合成聚合物材料（如聚氨酯、聚酰胺、聚硫脲）以及荧光染料和探针，后者可用于生物成像和传感。

生化研究工具：其异硫氰酸酯基团可与蛋白质上的亲核位点（如半胱氨酸残基）共价结合，用于修饰蛋白质功能或研究细胞信号通路。同时，它也被用于构建靶向蛋白降解的PROTAC双功能分子。