3-氟苯基异硫氰酸酯的主要用途包括：

医药中间体合成：作为关键中间体，用于合成药物，特别是抗癌药物的开发。其结构有助于修饰药物特性，提高药效。此外，它也被用于开发具有抗癌和抗菌特性的候选药物。

生化研究：用于蛋白质修饰，可与蛋白质中的氨基反应生成硫脲衍生物，用于蛋白质的标记或交联研究。同时被用来研究蛋白质相互作用和酶活性，帮助理解生物过程。

酶抑制剂开发：可作为反应物，与金刚烷胺反应生成N,N'-二取代硫脲，该产物可作为人可溶性环氧化物水解酶的靶向抑制剂。

有机合成砌块：在化学合成中作为基础砌块，用于制备各种杂环化合物和硫脲类化合物。

农用化学品制备：用于配制农药和除草剂，在保护作物的同时力求减少对环境的影响。

材料科学应用：应用于开发先进材料，如聚合物和涂层，利用其高反应性形成牢固的化学键。

分析化学试剂：作为衍生化试剂，用于质谱和色谱等分析技术，辅助化合物的检测与定量。