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4-异硫氰酰基-2-（三氟甲基）苯甲腈的主要用途如下：
恩杂鲁胺关键中间体：它是合成恩杂鲁胺（Enzalutamide）的核心中间体。恩杂鲁胺是一种雄激素受体拮抗剂，临床用于治疗前列腺癌。该化合物通过其异硫氰酸酯基团与其他中间体缩合，构建恩杂鲁胺的活性结构。
抗前列腺癌药物合成砌块：作为合成硫代咪唑啉酮类化合物的重要试剂。硫代咪唑啉酮类化合物是一类具有抗前列腺癌潜力的活性分子。